Появление в середине 1990-х годов в структуре таможенных органов подразделений силового обеспечения, стало своего рода защитной реакцией государства на разгул трансграничной экономической преступности.

В 1993 году в Московском, Приволжском и Южном таможенных управлениях в качестве эксперимента сформировали первые отряды быстрого реагирования, которые на практике доказали свою эффективность, а в 1995 году приказом ГТК России от 3 апреля №202 в Московском таможенном управлении был образован первый специальный отряд быстрого реагирования штатной численностью 105 сотрудников с оперативным подчинением Управлению собственной безопасности  ГТК России. Непростая экономическая и криминальная ситуация в стране требовала незамедлительных и решительных действий.

Спектр стоящих сегодня перед специальными отрядами быстрого реагирования задач впечатляет. Сотрудники  СОБР принимают участие в проведении оперативно-розыскных, проверочных мероприятий и процессуальных действий, проводимых правоохранительными подразделениями и подразделениями по противодействию коррупции таможенных органов и другими правоохранительными органами по выявлению, предупреждению и пресечению преступлений и административных правонарушений, контрабанды и иных преступлений, отнесенных законодательством  Российской Федерации к ведению таможенных органов, проводят задержание и доставление  в служебные помещения таможенного органа или в органы внутренних дел РФ лиц, подозреваемых в совершении преступлении, осуществляют личную охрану должностных лиц таможенных органов в связи с исполнением ими должностных обязанностей, выполняют и другие важные задачи.

Статистика неумолима, диктует факты и цифры, рекомендуют СОБР как боевую единицу, необходимую в деятельности, которую осуществляют таможенные органы Российской Федерации в целом. Лишь за 2014 год сотрудники СОБР Центральной оперативной таможни привлекались к участию в специальных мероприятиях 698 раз, в результате которых были задержаны и доставлены в органы дознания за различные правонарушения 16 граждан Российской Федерации, 1 гражданин Украины, было задержано около 4 килограммов наркотических средств и сильнодействующих веществ, 4 единицы холодного оружия, 1 единица огнестрельного оружия, ювелирные изделия общей стоимостью 574 млн. рублей, 2 грузовых автомобиля и 123 контейнера с товарами народного потребления, в отношении которых была неправильно проведена процедура таможенного оформления общей стоимостью 2 миллиарда 100 миллионов рублей, 2 легковых автомобиля, временно ввезенными на территорию РФ, в отношении которых предпринималась незаконная сделка по купле-продаже, вынесено решение о начислении платежей 41 млн. 600 тыс. рублей, задержано около 50 тыс. единиц автозапчастей (экономическая составляющая около 25 млн. руб.),  предметы, представляющие культурную ценность (экономическая составляющая около 5 млн. руб.). В результате проведенной работы было возбуждено 14 уголовных дел и 51 дело об административных правонарушениях. Это наиболее значимые мероприятия, а сколько на первый взгляд было «рядовых», но тоже необходимых.

Необходимые требования к профессиональной подготовке сотрудников СОБР были и остаются основным гарантом успешного функционирования подразделения, главной составляющей которого являются офицеры запаса внутренних войск, воздушно-десантных войск, других родов войск, сотрудники с высшим юридическим образованием, способные не только результативно выполнять поставленные перед ними задачи, но и адекватно реагировать на тактические изменения в боевых и экстремальных ситуациях. Проводимая в России модернизация образования предполагает несколько иной, по сравнению с прошлым, подход к вопросам подготовки дипломированных специалистов правоохранительных органов.

В программу боевой и специальной подготовки сотрудников СОБР обязательно входят физическая, огневая, тактико-специальная и правовая подготовки.

Если учесть, что заместитель начальника СОБР по боевой и специальной подготовке подполковник таможенной службы Алексей Бойко является чемпионом мира по пауэрлифтингу 2014 года, то ясно, что и от подчиненных требовать такой руководитель будет максимум, постоянно поднимая «планку». В подразделении проходят службу три мастера спорта Сергей Вануйто (каратэ), Виталий Тихонов (легкая атлетика), Александр Наянов (лыжные гонки), восемь кандидатов в мастера спорта (самбо, дзюдо, армейский рукопашный бой, пауэрлифтинг), а также настоящие энтузиасты Сергей Сопиков, Евгений Аверкин, Андрей Суслов, Роман Воронкин, Александр Силин для которых служба в подразделении – образ жизни.